太康三年（282年）置同安县，属晋安郡（郡治福州），不久裁撤，并入南安县，直到600多年后才再次设县建制。

贞元十九年（803年）析南安县西南部置大同场。

光启二年（886年），王潮克泉州为刺史。

南唐保大五年（947年），南唐灭闽国，同安地为王潮和闽国治地，历时61年。王潮、王审知兄弟先后为威武军节度使，同安为其治地。

闽国开平元年（909年），王审知为闽王，立闽国，都福州，大同场为其辖地。

闽国龙启元年（933年）时升为同安县，再次设县，属泉州。

南唐保大七年（949年），南唐升泉州为清源军（辖今泉州、莆田、漳州）。

乾德元年（963年），宋改清源军为平海军，以陈洪进为节度使，同安县属平海军。

太平兴国三年（978年），陈洪进纳土于宋，同安县始随平海军纳人宋土。同年，宋复平海军为泉州。

属平海军、泉州。

属泉州路。

属泉州府。

洪武二十年（1387年），始筑“厦门城”——意寓国家大厦之门，“厦门”之名自此列入史册。

禾山区建制始自民国二十四年（1935年）的禾山特种区。抗日战争胜利后设禾山区，为当年厦门市5个行政区之一。

民国三十五至三十七年间（1946—1948年）禾山区曾溪保的曾厝垵、西边、上李、港口、前厝、后厝、仓里、前田、溪边、下边、东宅并入厦港区（厦港区撤销后改归思明区）；吴豪保的塔厝、塔尾、将军祠、西边、尾头、豆仔尾并入开元区。

民国二十七年（1938年）五月至民国三十四年（1945年）九月，禾山俗称“山场”，有19个保178个社（自然村），其中14个社在厦门沦陷期间被日军强占辟为飞机场；21个社因天灾人祸废社。

新中国成立后，多次调整行政区。

1950年3月，曾厝垵、黄厝等农业区又归禾山区。

1958年，禾山区成为厦门市郊区的一部分，名为前线公社。

随着市区逐渐往东发展，20世纪60年代初，文灶、梧村先后划归开元区。

1979年11月，中央决定在厦门设置社会主义经济特区。

1980年7月，经福建省、厦门市协商研究，划定厦门岛上西北部禾山乡湖里大队2.5平方千米为特区范围，由福建省厦门经济特区管理委员会下属的特区工程建设指挥部负责征地，进行“五通一平”、营建厂房、道路，管委会也同时开始了对外宣传和招商引资。

1984年3月，中央决定把厦门经济特区扩大到全岛（包括鼓浪屿）。

1985年8月，又赋予厦门经济特区逐步实行自由港的某些政策，并酝酿设置特区管理线。这样就有必要将原属郊区（区政府在岛外集美镇）管辖的禾山乡划归市区管理。

1987年7月，国务院（87）104号文批复撤销厦门市郊区和湖里工业管理局，在厦门岛北部增设湖里区。

湖里区成立于1987年11月，是厦门特区的发祥地。1980年，国务院批准在湖里2.5平方千米范围设立厦门经济特区；1984年，邓小平同志在湖里亲笔写下“把经济特区办得更快些更好些”的题词，随后经济特区范围扩到厦门岛，2010年扩至厦门全市 [1]  [3]  。

1987年11月，湖里区正式成立，隶属厦门管辖。 [7] 

1995年，湖里区面积58.21平方千米，辖有1个街道、1个镇、18个社区、11个行政村。

1997年，湖里区面积58.2平方千米，人口7.3万人，辖1街道1镇：湖里街道、禾山镇。区政府驻湖里街道。

2000年，湖里区辖2个街道、1个镇：湖里街道、殿前街道、禾山镇。

2002年12月26日，民政部批准：厦门市湖里区人民政府驻地由兴隆路23号迁至禾山镇。

2003年，湖里区辖2个街道、1个镇：湖里街道、殿前街道、禾山镇。区政府驻禾山镇。

2004年06月18日，福建省人民政府（闽政文[2004]229号）批复；7月8日厦门市人民政府（厦府[2004]137号）批复：湖里区撤销禾山镇，设立江头、禾山和金山3个街道。江头街道辖吕厝、园山、江头、江村、吕岭、后埔、金尚、蔡塘8个社区，街道驻吕厝。禾山街道辖坂尚、枋湖、岭下、围里、钟宅5个社区，街道驻坂尚。金山街道辖高林、金山、后坑、五通4个社区，街道驻高林。7月新街道筹建，2004年09月23日，三个新街道正式挂牌运作。

2004年，辖湖里、殿前、江头、禾山、金山街道，共37个社区。

2008年，湖里区共辖5个街道，分别是：湖里街道、殿前街道、禾山街道、江头街道、金山街道、火炬高技术开发区、象屿保税区。

截至2021年，湖里区下辖5个街道，另设有1个开发区、1个保税区，共55个社区 [1]  [5]  。湖里区人民政府驻禾山街道。